Châu Phi Hạ Sahara có diện tích 24.3 triệu km².[6]

Từ khoảng 5,400 năm trước,[7] các vùng Sahara và Hạ Sahara của châu Phi đã bị chia tách bởi khí hậu rất khắc nghiệt và bởi dân cư thưa thớt của Sahara, hình thành nên một biên giới rõ nét chỉ bị cách quãng bởi Sông Nile tại Sudan, dù sông Nile cũng bị chia cách bởi các thác nước của nó. Lý thuyết Bơm Sahara giải thích tại sao thực vật và động vật (gồm cả loài người) rời bỏ Châu Phi tiến vào Trung Đông và qua nó tới Châu Âu và Châu Á. Các giai đoạn mưa của châu Phi gắn liền với một chu kỳ "Sahara ẩm" với sự tồn tại của các hồ lớn và nhiều con sông.[8]

Các vùng khí hậu và sinh thái

Các vùng khí hậu của châu Phi, thể hiện sự tách biệt sinh thái giữa khí hậu sa mạc của Sahara và vùng Sừng châu Phi (đỏ), Vùng Sahel bán khô cằn (da cam) và khí hậu nhiệt đới của Trung và Tây Phi (xanh dương). Miền nam châu Phi có khu vực chuyển tiếp sang bán nhiệt đới hay khí hậu ôn hoà (xanh lá cây), và các vùng xa mạc hay bán khô cằn khác, tập trung ở Namibia và Botswana.

Châu Phi Hạ Sahara có rất nhiều vùng khí hậu hay quần xã sinh vật. Nam Phi và Cộng hoà Dân chủ Congo đặc biệt được coi là các quốc gia cực phong phú về sinh vật.

• Vùng Sahel cắt ngang toàn bộ châu Phi ở vĩ độ khoảng 10° tới 15° Bắc. Cắc quốc gia có một phần sa mạc Sahara ở lãnh thổ phía bắc của họ và một phần Sahel ở phía nam gồm Mali, Niger, Tchad và Sudan.
• Phía nam Sahel, có một vành đai savanna, (Guinean forest-savanna mosaic, Northern Congolian forest-savanna mosaic) mở rộng và bao gồm hầu hết miền Nam Sudan và Ethiopia ở phía đông (Savanna đông Sudan).
• Vùng Sừng châu Phi gồm các khu vực bán sa mạc khô cằn dọc bờ biển, tương phản với savanna và các rừng cây lá rộng ẩm bên trong nội địa Ethiopia.
• Rừng mưa nhiệt đới châu Phi trải dài dọc bờ biển phía nam Tây Phi và xuất hiện hầu như trên toàn bộ Trung Phi (Congo) phía tây Hồ Lớn châu Phi
• Vùng rừng Đông Miombo là một vùng sinh thái của Tanzania, Malawi, và Mozambique.
• Hệ sinh thái Serengeti nằm ở tây bắc Tanzania và trải dài tới phía tây nam Kenya.
• Lòng chảo Kalahari gồm Sa mạc Kalahari bao quanh bởi một vành đai bán sa mạc
• Bushveld là một vùng sinh thái savanna nhiệt đới của miền Nam châu Phi.
• Karoo là một bán sa mạc ở phía tây Nam Phi.